A história da Faculdade Católica Dom Orione começou bem antes do inicio de suas aulas. Em 1997 foi semeada, pelo então Diretor do Colégio Santa Cruz, Pe. Paulo Arcanjo Reis, a vontade de prosseguir os passos da missão educacional de Dom Orione, partindo para o ensino superior. Mas o projeto esbarrou em algumas dificuldades e acabou sendo engavetado por algum tempo.
Com a chegada do Pe. Francisco Alfenas e com o apoio de vários religiosos, leigos e colaboradores do Colégio Santa Cruz, o projeto enfim saiu do papel. Daí para frente os passos foram sendo dados gradativamente. Em 4 de Setembro de 2001 o sonho começou a ganhar força através do decreto do Ministério da Educação que aprovou a criação da Fundação Educacional Dom Orione, mantenedora da FACDO.

Seguindo os preceitos orionitas e o princípio de levar educação de qualidade, a Faculdade Católica Dom Orione, não iniciou nenhum de seus cursos antes de ter suas devidas autorizações pelo Ministério da Educação. Em 27 de Janeiro de 2005, saiu no Diário Oficial da União a portaria que autorizava o funcionamento do curso de Administração de Empresas. Cinco meses depois, enfim, aconteceu o primeiro processo seletivo da FACDO que elegeu os estudantes que cresceriam junto com a Instituição. Em 25 de Novembro do mesmo ano, o MEC também autorizou o curso de Direito que iniciou suas atividades no inicio do ano seguinte.